鍋爐除塵器系統的運行要與鍋爐機組同步也要相適應。所以除塵器系統、安全、穩定的運行是相當的重要的。一般情況下，鍋爐廠粉塵治理使用的為脈沖袋式除塵器，本設備是一種節能的環保設備，除塵風量也非常的大，可有效的適用于鍋爐廠除塵。在設備運行中，我們應當掌握好了以下幾個環節：
1、除塵器在正式投運之前，冷態下通過灰罐車在煙道內噴入數量的飛灰或生石灰粉，使除塵布袋（特別是新濾袋）預容塵。
2、鍋爐點火前要對爐膛、煙道通風清掃，積存可燃物質，清掃通風時間一般為5～10min，通風量為額定工況下的25%。另外，還要對一次風管進行吹掃，每根吹掃時間約2～3min。在清掃過程中，使用除塵器。
3、鍋爐正常運行時，除塵系統一般不會發生低溫硫酸腐蝕，但是在啟動（或停運）過程中，全部燃油或用油助燃，油的含硫量一般較大（柴油或重油）會使煙氣酸露點大幅度升高，而此時排煙溫度相應較低，從而可能引起結露和腐蝕；因燃油不完全燃燒，或煤的揮發物中存在焦油，也可能會導致糊袋的現象。因此，在鍋爐點火，投油燃燒時應使用噴粉系統，該時除塵器不噴吹清灰。
4、投入煤粉燃燒，逐漸停止燃油，燃燒穩定后，停止噴粉系統，除塵器方可正常清灰。  5、鍋爐停機過程中有減煤粉、投油助燃、全燃油及熄火幾個過程。在整個停爐過程中，鍋爐負荷及蒸汽參數是按熱機的要求進行控制的。對于煤粉爐，在減弱燃燒的同時可投入油槍，以防止滅火和爆燃。因此，停爐過程除塵器正常運行，并啟動噴粉裝置。鍋爐停爐熄火后，除塵系統仍需運行5～10min，用于通風掃除可燃質。
6、停爐18小時后，啟動除塵系統進行爐體冷卻，該過程將使用除塵器。
7、當除塵器整機或部分單元短期停止使用后，希望表面仍保留一層塵餅，在啟動時保護濾袋。潮解能使濾袋上的粉塵結塊，灰層變厚，但可在溫度恢復后進行清灰。如果除塵器長期停止使用，則將濾袋上的粉塵盡量，且灰斗排空，打開檢修門，引入新鮮空氣，置換袋室煙氣，以免濾袋和金屬腐蝕。
8、鍋爐降低負荷運行是常見的狀態。在不投油助燃的低負荷可是額定負荷的30～70%，相應的系統風量也將減少。鍋爐低負荷或冬季運行時，為防止結露，應適當提高空氣預熱器出口溫度，采取開通預熱器部分旁路、熱風再循環等措施。若有可能，噴粉系統啟動。
9、事故狀態。鍋爐事故有多種形式。當屬于“四管”爆破等事故而導致停爐時，為抽去爐中水蒸汽和維持爐內負壓，仍需引風機低風量繼續運行，不嚴重時，允許除塵器運行，但“爆管”嚴重時應停爐檢修；當發生爐膛滅火時，除塵系統應立即停止運行，關閉引風機入口閥門，同時立即切斷燃料，再后按規程規定程序點火，點火前以大于25%的額定風量吹掃5~10分鐘。該狀態下除塵器不清灰；若發生煙氣突然升溫或煙道內再燃燒，應立即啟動緊急噴霧降溫系統，若煙溫大過200℃且繼續上升，應停爐停機。